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所领导（2007－2011)
　所长：　　巩馥洲　　　　　　　　　　副所长：胡晓东
　所长助理：黄飞敏 张慧君 　　　　　　所秘书：李丽娟 翟小云
所学术委员会（2007－2011)
　主任：　　马志明　　　　　　　　　　副主任：曹道明 张汉勤
　委员：丁祥茂 丁夏畦 刘克 巩馥洲 严加安 胡晓东 黄飞敏 崔晋川 王启华 常谦顺
所设四个研究室
　概率统计研究室　　　　　　　主任：骆顺龙　　　　　副主任：孙六全
　运筹学研究室　　　　　　　　主任：张汉勤　　　　　副主任：赵云彬
　计算物理与微分方程研究室　　主任：张波　　　　　　副主任：郑作环 何成
　决策管理与信息科学研究室　　主任：崔晋川
中国科学院重点开放实验室
　中国科学院随机复杂结构与数据科学重点实验室　　　　主任：巩馥州
数学与系统科学研究院挂靠的六个研究中心
　不确定性决策研究中心　　　　主任：张汉勤
　生物信息学研究中心　　　　　主任：章祥荪　　　　　副主任：周勇 石坚
　金融工程与风险管理研究中心　主任：马志明　　　　　副主任：汪寿阳 周子康 陈敏 孙六全
　图论组合与网络研究中心　　　主任：胡晓东　　　　　副主任：闫桂英
　统计科学研究中心　　　　　　主任：范剑青　　　　　副主任：陈敏 巩馥洲 邹国华
　偏微分方程及其应用中心　　　主任：曹道民　　　　　副主任：张波 张平
其它挂靠学术部门和团体
　《应用数学学报》 　中国运筹学会 亚太运筹中心
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