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所领导(2012-2017)
 所长:  曹道民 副所长:骆顺龙
 所长助理:刘克  所办公室主任:翟小云 秘书:
所学术委员会(2012-2017)
 主任:  马志明          副主任:胡晓东 黄飞敏
 委员:丁祥茂、孙六全、刘克、巩馥洲、严加安、张波、郑作环、骆顺龙、崔晋川、曹道民
所设四个研究室
 概率统计研究室       主任:孙六全     副主任:夏建明
 运筹学研究室        主任:吴凌云     副主任:陈旭瑾
 计算物理与微分方程研究室  主任:张波      副主任:郑作环 王益
 决策管理与信息科学研究室  主任:崔晋川
中国科学院重点开放实验室
 中国科学院随机复杂结构与数据科学重点实验室    主任:巩馥州
数学与系统科学研究院挂靠的六个研究中心
 随机分析研究中心      主任:巩馥洲
 生物信息学研究中心     主任:章祥荪     副主任:周勇 石坚
 量子计算与量子信息处理中心 主任:骆顺龙     副主任:尚云
 图论组合与网络研究中心   主任:胡晓东     副主任:闫桂英
 统计科学研究中心      主任:范剑青     副主任:陈敏 巩馥洲 邹国华
 偏微分方程及其应用中心   主任:曹道民     副主任:张波 张平
其它挂靠学术部门和团体
 《应用数学学报》  中国运筹学会 亚太运筹中心
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